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注释和参考文献是构成一篇完整的学术论文不可缺少的组成部分，是对别人已有研究成果借鉴和利用情况的标示，或是表明作者利用了别人已有的理论、观点、方法和材料来论证自己的理论观点，或是表明作者对别人科研成果所作的肯定性或否定性的评价，或是作者为读者提供进一步研究问题的线索或路径。但赛恩斯编译在实践工作中，经常发现作者在学术论文的注释和参考文献的标引上出现种种混乱现象。因此，有必要对二者在标引中应注意的问题作一简要分析。
一、正确处理注释和参考文献的交叉。注释和参考文献虽然在功用、标引方式等方面有着明显的区别，但二者也有交叉的情况。这是作者在标引注释和参考文献时尤其需要加以注意的。之所以会出现交叉，这主要是因为，除了对学术论文的篇名、作者基本情况和收稿日期以及致谢等的注释之外，其他注释的资料都来自参考文献，即引文注释中所列引文，必然包括在参考文献之中。注释和参考文献的这种交叉情况的出现，使得他们二者之间出现了“互见”关系。在这种情况下，注释和参考文献应同时列出，不能互相代替或省略。
二、注释应讲求“四性”。即知识的准确性，资料的可靠性，表述的通俗性和数量的适度性。
1.知识的准确性。学术论文所论述的问题，一般都具有较强的专业性特征，在此基础上的注释所要说明和解释的问题，表现出的这一特征比正文更加明显，即要说明的问题一般也比正文更加艰深、具体、详细。它既紧贴论文的内容，又游离于正文内容之外。注释的主要功能既然是解疑释难，那么，注释本身更应讲求知识的科学性和准确性。
2.资料的可靠性。注释在很大程度上还是对所引资料的一种考证、鉴别、比较、纠错工作，因此，必须强调资料的可靠性，尽量采用第一手资料，力求避免转引。
3.表述的通俗性。既然注释是为了解疑释难，因此，在表述上应力求做到通俗易懂。如果对注释的表述比正文还晦涩难懂，那就起不到注释的作用了。虽然学术论文阐述的问题专业性、学术性很强，但作者也应尽量做到通俗易懂，起码不能让同行读不懂。
4.数量的适度性。在一些论文中，常常出现注释过多的现象，应引起写作者的注意。注释过多会冲淡论文的主题，给人一种多余、累赘的感觉，严重影响论文的表达效果。因此，注释在数量上应讲求适度。
三、标注参考文献应实事求是。在学术论文中所列的参考文献，必须是在自己的论文写作时真正参考了的、且对自己的论文形成具有启示、借鉴意义的，否则，再有价值、再权威的资料也不能作为参考文献标出。这里常见的两种倾向值得注意：其一，在论文写作中并没有参考某些文献资料，但有些作者觉得这些文献或是价值较高，或是名人名作，或是影响较大等，于是便通通列入参考文献，想借此提高自己论著的价值或权威性。这是违背学术道德和文献标注规范要求的。其二，在论文写作中对某些文献参考较多，而且有许多为直接引用，为了避免抄袭、剿窃之嫌，于是将该标注的参考文献也被“隐”去了，这种做法是违背学术道德要求的。
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